1919'da Brno'da ikinci Çek üniversitesi olarak kurulan bu okul bugün dokuz fakülte ve 35.845 öğrenciden oluşuyor.

 Masaryk Üniversitesi, Çek Cumhuriyeti'nde Compostela Grubu ve Utrecht Ağı üyesi olan ikinci büyük üniversitedir. 

 Bağımsız bir Çekoslovakya'nın ilk başkanı Tomáš Garrigue Masaryk'in yanı sıra ikinci bir Çek üniversitesi için hareketin lideri Tomáš Garrigue Masaryk'in adını aldı.

 1960'da üniversite, bir Çek biyolog Jan Evangelista Purkyně'den sonra Jan Evangelista Purkyně Üniversitesi olarak yeniden adlandırıldı. 1990'da Kadife Devrimi'nden sonra orijinal adını tekrar kazanmıştır. 1922'den beri, 171.000'den fazla öğrenci üniversiteden mezun oldu.

 Masaryk Üniversitesi araştırma ve öğretimin yakından bağlantılı olduğu bir araştırma üniversitesidir. Araştırma faaliyetleri Çek Cumhuriyeti ile sınırlı değildir: Masaryk Üniversitesi araştırmacıları her kıtada çalışırlar. Araştırma merkezlerinden biri, uzmanların ekosistem üzerinde uzun vadeli bir araştırma yapan Antarctica'daki ilk Çek polar istasyonudur.